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HISAT

wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-source.zip
unzip hisat2-2.1.0-source.zip
cd hisat2-2.1.0
make  # 在此之前要安装g++和gcc,用sudo apt install 安装
rm -f *.h *.cpp

samtools

wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.5/samtools-1.5.tar.bz2
tar xvfj samtools-1.5.tar.bz2
cd samtools-1.5
./configure  #金沙官网线上, 根据configure检测,安装系统依赖的模块,直到没有报错
make 
sudo make install 

HTSeq

# 安装依赖
sudo apt-get install python-pip
pip install --upgrade pip
sudo apt-get install build-essential python2.7-dev python-numpy python-matplotlib python-pysam python-htseq
pip install HTSeq

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